1946年东京审判开庭预演，中国法官的座次被排在英美之后。梅汝璈当即脱下法袍、退场抗议，并表示若座次不改，将提请辞职。最终，中国重新坐回第二席。判决书起草权之争是另一个重要战场。当时，有人主张判决书统一书写。

但梅汝璈坚持日本侵华部分必须由中国来写，法庭最终接受他的提议，由他负责判决书第五章《日本对华侵略》的起草工作。