肯尼迪共同创立了儿童健康保护组织。卫生与公众服务部部长小罗伯特·F·肯尼迪周四对疫苗怀疑论组织“儿童健康保护组织”表示，他们在白宫有一位“朋友”——总统唐纳德·特朗普。

肯尼迪在华盛顿特区该组织主办的一场会议上发表了主旨演讲，指出特朗普已下达指令，要求加强围绕儿童疫苗的研究、透明度和家长选择权。

“让我把话说清楚。你们在白宫有一位坚定而可靠的朋友，”肯尼迪说。

肯尼迪还表示，他本想在第一天上任就推行更全面的改革，但由于“程序”问题而无法做到。

“在政府里，一件事要发生，得先完成一大堆事情，否则你就会被起诉，”他说。“这是一个非常繁琐的体系，内置了大量惯性……如果我们能够克服它，我们本会在第一天就改变一些事情，但那些改变会是短暂的，而我也会丢掉工作，因为我必须依照法律和程序称职地管理我的机构。”儿童健康保护组织倡导反对推荐的儿童疫苗接种时间表，由肯尼迪共同创立。他在被确认为卫生与公众服务部部长之前已从该组织董事会辞职。

该组织将此次会议描述为一场“及时的对话，将在健康自由运动面临前所未有的机遇与风险的背景下展开”。同样计划出席的还有威斯康星州共和党参议员罗恩·约翰逊、肯塔基州共和党参议员兰德·保罗，以及亚利桑那州共和党众议员保罗·戈萨尔和肯塔基州共和党众议员托马斯·马西。

传染病医生、前美国疾病控制与预防中心（CDC）疫苗专家菲奥娜·哈弗斯（Fiona Havers）博士表示，儿童健康防御组织（CHD）散布了虚假和误导性信息，“直接导致了全国疫苗接种率的下降”。

“美国人现在正悲剧性地承受着这一后果，今年已报告了超过3000例麻疹病例，仅在过去几周内就报告了4例与麻疹相关的死亡病例，”哈弗斯在给美国广播公司新闻部（ABC News）的一份声明中说道。“小罗伯特·肯尼迪（RFK Jr.）在CHD的会议上发言，利用他作为美国政府最高公共卫生官员的身份，使CHD的反疫苗信息合法化，并削弱了CDC、各州卫生机构、临床医生及其他各方为控制这些疫情所做的努力。”美国卫生与公众服务部（HHS）未立即回应ABC新闻的置评请求。

肯尼迪表示，特朗普要求他“大力调查儿童疫苗对慢性病流行的潜在影响”。肯尼迪声称，他小时候只需接种3种疫苗，而现在儿童需要接种18种疫苗，共计94剂。医生此前曾告诉ABC新闻，如果不包括年度流感疫苗和新冠疫苗，儿童在18岁之前通常接种约30剂疫苗——其中许多是联合注射。“问题在于……我们是否应该审视这些慢性疾病中是否有一些与疫苗有关？”肯尼迪说道。

正如你所看到的，这些由疫苗引起的不良反应中有很多属于慢性疾病，而这些慢性疾病正是当前全球慢性病流行的一部分，”肯尼迪在演讲中说道。“换句话说，这些疾病在1989年后突然在儿童中变得普遍。”1989年也是美国疾病控制与预防中心（CDC）的免疫实践咨询委员会（ACIP）、美国儿科学会以及美国家庭医师学会建议儿童接种第二剂麻疹、腮腺炎、风疹（MMR）疫苗的年份；不过肯尼迪并未具体提到是哪种疫苗。

大量的科学研究已经证明，MMR疫苗与慢性疾病的发生之间不存在因果关系。

在2025年的确认听证会上，肯尼迪表示他不会阻碍人们接种疫苗，并明确表示自己支持疫苗接种政策。此后他还表示，应该由父母自行决定是否为孩子接种疫苗。

去年，肯尼迪解雇了ACIP的所有17名成员，并任命了自己挑选的新成员。新成立的委员会投票决定取消“新生儿必须接种乙型肝炎疫苗”的强制规定，并调整了关于MMRV疫苗（可预防麻疹、腮腺炎、风疹和水痘）的接种建议。此外，该委员会还投票决定不再推荐含有硫柳汞（一种含汞的防腐剂）的流感疫苗；虽然目前美国使用的大多数流感疫苗中几乎不含或完全不含硫柳汞，但美国食品药品监督管理局（FDA）和CDC都认为，疫苗中的微量硫柳汞不会造成任何危害，除了注射部位可能出现轻微的红肿等反应外。

今年年初，肯尼迪还对儿童疫苗接种计划进行了调整，将推荐的接种次数从17次减少到了11次。

今年3月，马萨诸塞州的一名联邦法官阻止了对疫苗接种时间表的修改，暂停了对疾病预防控制中心疫苗咨询委员会13名成员的任命，并暂停了由民主党提名的成员进行的所有投票。

肯尼迪在讲话中说，他不会对法官的裁决发表评论，因为此案仍在诉讼中。